总结一下我的问题：

我在美国持F1签证5年，应该以Resident Alien身份报税，但却收到了非居民（NRA）才有的1042-S表格。这是因为学校有两个HR系统，其中一个系统默认我为非居民身份。会计师认为问题不大，还告诉我奖学金（fellowship）需要交税，但实际上fellowship是不需要交税的。

结果：

1. 多交了$4,000的联邦税。

2. 其他收入本该退还的$2,000联邦税没有退。

3. 收到了IRS的信。

4. 补缴了不应该补缴的$2,000州税。

总计亏损约$6,000，对我这个贫穷的学生来说，简直心在滴血。

经验教训：

1. 即使已经读到PhD，也要自己多看攻略，多了解相关条款，对自己的税务问题负责。

2. F1学生应及时更新自己的resident alien状态。我男朋友在第五年时，学校HR会主动联系更新，但我所在的学校更混乱。

3. 作为不计工时的fellow，如果你是non-resident alien，fellowship需交14%的联邦税，无需交州税，第二年收到1042-S表格并报给IRS。如果你是resident alien，fellowship全部免税，第二年需提交Memorandum letter报IRS。每个州的规定可能不同，一定要咨询学校资深HR，junior HR可能不了解。

4. 中美税收协议（tax treaty）可能适用，一定要确认。如果会计师认为不适用，也要多咨询其他专业人士，避免盲目相信。

细节和具体情况可以参见图片。感觉这个问题可能会持续N个月的拉锯战，希望能顺利解决。🙏🙏🙏